C'est au milieu du 19ième siècle que les adeptes de l'homéopathie s'opposent à l'Institut Médical représenté par l'Académie Royale Française de médecine, fondée en 1841. Durant les années 1849 et 1850, les antagonistes et les partisans de l'homéopathie ont de nombreuses discussions à propos de l'utilisation de l'homéopathie pour le traitement du choléra. Le Dr Carlier propose de donner du camphre en très petites doses. L'homéopathie est considérée par les non homéopathes comme une élucubration philosophique et les homéopathes comme des charlatans. Le titre d'un article: "l'homéopathie devant la médecine rationnelle" qui paraît longtemps après dans le magazine "L'Art Médical" (1878), est représentatif de l'attitude de la médecine dominante vis-à-vis de l'homéopathie.
Certains allopathes peuvent encore accepter l'administration de petites doses de médicaments, (parce qu'on peut donner par là une chance à la nature!) mais la plupart d'entre eux sont agacés par le caractère dogmatique de la doctrine et le fanatisme des adeptes. Malgré l'intervention des professeurs V. François (Leuven) et L.J.G Seutin (Bruxelles) et des médecins bruxellois Varlez et Dugniolle, la conception homéopathique est rejetée au cours de la séance de clôture de l'Académie, le 27 avril 1850.